需要注意的是，具体的变更流程可能会因银行政策和个人情况而有所不同，建议您在操作前与具体银行进行确认，并遵循银行的要求进行操作。此外，及时与银行保持沟通和协调，确保变更流程顺利进行。
根据南京市相关政策和规定，如果在商贷协议签订之后需要变更还款卡号，您可以按照以下步骤进行操作：
1. 与借款银行联系：与贷款银行的客户经理或相关负责人取得联系，说明您的需求并告知需要变更还款卡号的原因。
2. 提供相关文件：根据银行要求，可能需要提供一些文件来支持您的变更申请，例如身份证明、征信报告、银行流水等文件。
3. 填写申请表格：根据银行的要求，填写相关的申请表格，并确保填写信息的准确性。
4. 提交申请：将填写好的申请表格及所需文件提交给贷款银行，可以通过柜台、邮寄或电子邮件等方式提交。
5. 确认变更：银行会对您的申请进行审批，如果申请通过，银行会发送通知并确认新的还款卡号已经生效。
需要注意的是，具体的变更流程可能会因银行政策和个人情况而有所不同，建议您在操作前与具体银行进行确认，并遵循银行的要求进行操作。此外，及时与银行保持沟通和协调，确保变更流程顺利进行。