总的来说，大陆居民往来台湾通行证主要是为大陆居民提供往来台湾的通行便利，而入台证则是为外国人、港澳同胞或大陆居民入境台湾提供合法身份认证。
大陆居民往来台湾通行证和入台证有以下区别:
1. 功能不同：大陆居民往来台湾通行证是大陆居民前往台湾地区的必备证件，可以用于旅游、探亲、商务等目的；而入台证是台湾地区批准的外国人、港澳同胞或大陆居民入境台湾地区的证件。
2. 办理途径不同：大陆居民往来台湾通行证由大陆公安部门负责办理，申请人需在大陆居住地的公安局完成相关手续；而入台证则由台湾地区相关部门负责办理，申请人需向台湾方面提交申请并等候批准。
3. 使用范围不同：大陆居民往来台湾通行证可以在台湾地区的各个县市自由出入，而入台证持有人可以在台湾地区境内自由活动，但不包括台湾地区以外的其他国家或地区。
4. 申请条件有所不同：大陆居民往来台湾通行证的申请条件较为简单，基本上只要符合相关规定并提交申请即可；而入台证的申请条件相对较为严格，一般需要提供较多的材料和证明，并且还有可能需要经过面试或审核等程序。
总的来说，大陆居民往来台湾通行证主要是为大陆居民提供往来台湾的通行便利，而入台证则是为外国人、港澳同胞或大陆居民入境台湾提供合法身份认证。