如果审核不通过，将告知不通过的原因。
扬州市职工医保门诊特殊病种申报流程如下：
1. 提前准备材料：申请人需填写《扬州市基本医疗保险门诊特殊病种申请表》，并准备以下材料：
- 身份证原件及复印件
- 医保卡原件及复印件
- 住院病历复印件
- 住院医保费用结算单复印件
- 其他与疾病诊断和治疗相关的医疗文件复印件
2. 将申请表和相关材料提交：将填写完整的申请表和相关材料，提交给所在单位的人事部门或医保经办机构。
3. 经办机构审核材料：所在单位的人事部门或医保经办机构将对提交的材料进行审核，确保申请的准确性和完整性。
4. 医保经办机构初审：经办机构将对申请人的病情进行初步审核，如有需要，可能会要求申请人提供进一步的医疗证明文件。
5. 银行转款申请：经办机构审核通过后，会将申请人的资料转交给医保系统进行转款申请。
6. 医院审核：医保系统将申请转交给医疗机构进行相应的病种审核，医院会根据病情进行进一步的审核和核定。
7. 审核结果通知：经办机构会将审核结果通知申请人，如果审核通过，申请人将获得特殊病种的医保报销资格。如果审核不通过，将告知不通过的原因。
请注意，以上流程仅为一般流程，具体流程可能会因地区和政策而有所不同，建议申请人详细咨询所在单位的人事部门或当地医保经办机构了解具体操作步骤。