南京灵活就业人员的医保差额由个人自行缴纳。具体补缴方式一般有以下几种：1.在办理社保登记时，将医保差额一次性缴足。具体补缴方式可能因地区政策不同而有所差异，建议咨询当地社保机构或人力资源部门获取准确的补缴信息。
南京灵活就业人员的医保差额由个人自行缴纳。具体补缴方式一般有以下几种：
1. 在办理社保登记时，将医保差额一次性缴足。
2. 每月按照缴费基数和缴费比例计算，将差额与社保费用一同缴纳。
3. 每年按照缴费基数和缴费比例计算，将差额与社保费用一同缴纳。
具体补缴方式可能因地区政策不同而有所差异，建议咨询当地社保机构或人力资源部门获取准确的补缴信息。