需要注意的是，具体的操作步骤可能会因为网站的改版而有所变化，建议根据南京市人力资源和社会保障局的官方指引进行操作。
南京灵活就业医保网上交费的操作步骤如下：
1. 首先，打开南京市人力资源和社会保障局的官方网站（http://rsj.nanjing.gov.cn）。
2. 在网站首页，点击“个人业务”或“网上办事大厅”等相关链接。
3. 在个人业务页面中，选择“医疗保险”或“社会保险”等相关选项。
4. 进入医疗保险或社会保险页面后，找到“网上缴费”或“在线缴费”等选项，点击进入。
5. 根据页面提示，填写个人的姓名、身份证号码、联系方式等相关信息，并选择需要缴费的月份和金额。
6. 根据页面提示，选择合适的支付方式进行支付，一般支持银行卡支付、支付宝、微信支付等方式。
7. 在支付完成后，系统会生成电子缴费凭证，请保存好凭证，并及时查看个人的缴费状态。
需要注意的是，具体的操作步骤可能会因为网站的改版而有所变化，建议根据南京市人力资源和社会保障局的官方指引进行操作。另外，如果不熟悉网上操作或有其他疑问，也可以到当地社保局咨询窗口或拨打咨询电话进行咨询和办理。