需要注意的是，具体的办理地点和流程可能会因地区的不同而有所差异，建议您在办理前提前咨询当地的社会保险经办机构或拨打南京市社保服务热线咨询具体的办理信息。
南京市的灵活就业医保停保手续可以在南京市社会保险经办机构办理。具体办理流程如下：
1. 前往南京市社会保险经办机构，咨询灵活就业医保停保的具体要求和办理流程。
2. 准备好所需的材料，一般包括身份证、社保卡、劳动合同或劳动关系证明等。
3. 前往南京市社会保险经办机构提交申请，并填写相关的申请表格。
4. 填写完毕后，将申请表格及相关材料递交给相关工作人员，等待审核。
5. 审核通过后，南京市社会保险经办机构会办理灵活就业医保停保手续，并告知具体办理结果和相关注意事项。
需要注意的是，具体的办理地点和流程可能会因地区的不同而有所差异，建议您在办理前提前咨询当地的社会保险经办机构或拨打南京市社保服务热线咨询具体的办理信息。